Tapi kerusakan besar telah terjadi. Kota-kota dan desa-desa hancur dan infrastruktur vital hancur.
Xanan Gusmao dan para pemimpin pengasingan lainnya kembali segera setelah itu dan PBB menjalankan pemerintahan tiga tahun menjelang pemilihan parlemen dan presiden.
Pada Mei 2002, Xanana Gusmao dilantik sebagai presiden Timor-Leste.
Meskipun demikian, masa depan yang bermasalah menyusul ketika Dili berusaha untuk mendefinisikan Timor Leste di wilayah tetangga yang jauh lebih besar, khususnya Australia, Cina, dan Indonesia, yang tetap menjadi pengaruh yang menyeluruh.
Loveard mengatakan ada jendela di mana Timor Leste memiliki kesempatan untuk memiliki masa depan di Indonesia.
"Sejarah terus mengesampingkan kemungkinan itu, tetapi saya pikir perlu diingat bahwa Indonesia memang menuangkan banyak uang ke dalam kepemilikan baru mereka dan mereka tidak mendapatkan banyak pengembalian atas investasi itu," katanya.
Cina, seperti di tempat lain, sekarang banyak berinvestasi di Timor Leste, mengejar pelabuhan dan sumber daya, sementara Australia selalu memperhatikan kemampuan negara itu.
PBB mengerahkan pasukan keamanan setelah 155, 000 orang meninggalkan rumah mereka di tengah pertempuran faksi pada tahun 2006.
Dua tahun kemudian, bala bantuan Australia dikirim setelah Presiden Jose Ramos-Horta terluka dalam upaya pembunuhan dan Perdana Menteri Gusmao mendapat kecaman.
Pemeliharaan perdamaian PBB berlangsung hingga akhir 2012.