Presiden Soeharto yang kala itu masih memimpin kemudian memerintahkan TNI dibawah kepemimpinan Jenderal L.B Moerdani untuk mengamankan jalannya KTT ASEAN ke-3 di Filipina.
TNI bersiap melaksanakan arahan Soeharto, mereka kemudian membentuk Gugus Tugas pengamanan KTT ASEAN dengan melibatkan semua matra baik laut, udara dan darat.
Maka bertolaklah gugus tugas TNI ke Filipina, dari TNI AL dikerahkan fregat KRI Zakarias Yohannes-332 dan KRI Sorong-911.
Marinir juga tak mau ketinggalan, dua batalyon disiagakan di Teluk Manila dan siap siaga melancarkan operasi pendaratan amfibi memasuki Manila jika diperintahkan.
Dari TNI AU disiagakan jet tempur A-4 Skyhawk bermuatan bom Mk.82 untuk berjaga-jaga membom para pengacau jika menganggu jalannya KTT.
TNI AU mempersiapkan pula ambulans udara dadakan di perut pesawat angkut C-130 Hercules untuk pertolongan medis sewaktu-waktu.
Dari TNI AD, dua pekan sebelum KTT berlangsung satu tim dari Kopassus tiba di Filipina.
Tim Kopassus itu awalnya bertugas melatih para pengawal presiden Filipina.
Sudah menjalani pelatihan singkat namun performa dan kemampuan para pengawal presiden Filipina dinilai kurang mumpuni.