- Komandan Satuan Kapal Cepat Koarmatim tahun 2010;
- Komandan Satuan Kapal Eskorta Koarmatim pada 2011;
- Komandan Kolat Koarmabar tahun 2012;
- Paban II Sopsal tahun 2014;
- Komandan Lantamal I Belawan pada 2015;
- Kepala Staf Koarmabar pada 2016;
- Panglima Komando Lintas Laut Militer (Pangkolinlamil) pada 2017.
Saat masih menjabat sebagai Panglima Kolinlamil, Laksamana Yudo Margono dipercaya menjabat Panglima Komando Armada I (Pangkoarmada I) pada 2018.
Kemudian, sebelum menjadi orang nomor satu di TNI AL, Yudo menjabat sebagai Panglima Komando Gabungan Wilayah Pertahanan I (Pangkogabwilhan I) pada 2019.
Tanda Jasa yang Diterima Yudo Margono
Atas jasa-jasanya kepada bangsa dan negara, berbagai tanda jasa bintang dan satya lencana diperoleh Yudo Margono, yakni: