Bersama Ibu Tien bahkan Soeharto sempat mampir ke tempat Habibie di Jerman dan membawa oleh-oleh dari ibu Habibie.
Keakraban itu pun terus terbangun hingga pada akhirnya kedua tokoh ini terjun di ranah politik dan menjadi pasangan Presiden-Wakil Presiden pada tahun 11 Maret 1998 sampai 21 Mei 1998.
Namun di ujung masa kepemimpinan Soeharto, BJ Habibie mendapati kenyataan pahit bahwa seniornya itu enggan menemui dirinya.
"Sangat saya sayangkan bahwa Pak Harto ketika itu tidak berkenan berbicara dengan saya," kata Habibie dalam buku Detik-detik yang Menentukan Jalan Panjang Indonesia Menuju Demokrasi, terbitan THC Mandiri.
Pada 20 Mei 1998, Soeharto hanya menugaskan Menteri Sekretaris Negara Saadilah Mursyid untuk menyampaikan keputusan, esok harinya, pukul 10.00, ia akan mundur sebagai presiden.
Sesuai UUD 1945, Soeharto berniat menyerahkan kekuasaan dan tanggung jawab kepada Habibie sebagai Wakil Presiden RI, di Istana Merdeka.
"Saya sangat terkejut dan meminta agar segera dapat berbicara dengan Pak Harto. Permintaan tersebut tidak dapat dikabulkan. Ajudan Presiden Soeharto menyatakan akan diusahakan pertemuan empat mata dengan Pak Harto di Cendana besok pagi sebelum ke Istana Merdeka," ujar Habibie.
Keesokan harinya, Habibie bersiap meluncur ke Jl Cendana, berharap mendapatkan penjelasan dan jawaban mengenai mengapa semua ini terjadi.