Ia memutuskan menyelidiki dan mencari perbedaan antara dua lingkungan tersebut.
Ternyata dokter dan mahasiswa kedokteran sering mengunjungi bangsal bersalin langsung setelah melakukan otopsi.
Berdasarkan pengamatan ini, ia mengembangkan teori, mereka yang melakukan otopsi membawa partikel mayat di tangan dari ruang otopsi ke bangsal bersalin.
Sedangkan bidan tidak melakukan operasi atau otopsi sehingga tidak terkena partikel-partikel ini.
Maka Semmelweis memberlakukan aturan baru yang mewajibkan dokter cuci tangan dengan klorin.
Tingkat kematian di bangsal bersalinnya turun secara dramatis.
Ini adalah bukti pertama bahwa membersihkan tangan dapat mencegah infeksi.
Tetapi tidak semua orang senang dengan inovasi tersebut.
Sejumlah dokter tidak senang karena penemuan Semmelweis menyiratkan, para dokter bersalah atas kematian dan berhenti cuci tangan.
Serta bersikukuh bahwa air adalah penyebab potensial dari penyakit.