Tetapi langkahnya terhenti karena ia tidak lulus akibat latar belakang kehidupannya terkorek saat wawancara.
Tak bisa dipungkiri, Eli punya silsilah darah Yahudi yang cukup menyulitkan dirinya untuk bisa berkiprah di Mesir kala itu.
Tidak salah kalau keluarganya pun berniat medidik Eli di rumah saja tanpa pendidikan formal.
Tapi Eli masih beruntung karena diterima masuk di sekolah elektronika, yang sebenarnya merupakan pilihan keduanya.
Jiwa Yahudi Cohen mulai terusik ketika upaya penyingkiran kaum Yahudi dari tanah Mesir makin memuncak di Mesir, terlebih setelah terjadi kudeta terhadap Raja Farouk.
Untuk melepaskan aspirasi jiwanya, sejak 1952 Eli Cohen mulai bergabung dengan organisasi-organisasi kaum Zionis di Mesir.
Ia terlibat berbagai kegiatan yang intinya berjuang untuk kaum Yahudi.
Ketika tahun 1953 Israel menggelar operasi bersandi Susannah (kegiatan mata-mata Israek di Mesir), Eli Cohen langsung bergabung.
Meski operasi tersebut terbilang kurang rapi dilaksanakan.
Hal itu terbukti oleh terciduknya beberapa personel Yahudi Mesir yang ikut terlibat dalam operasi rahasia.