Untung aparat keamanan Indonesia termasuk TNI berhasil mencium kegiatan teroris ini.
TNI segera merespons cepat dan berhasil mengetahui keberadaan Omar Al Faruq.
Dibentuklah tim Buru Sergap yang dipimpin oleh Andika mengingat dirinya pernah jadi Komandan Tim 3 Sat Gultor 81.
Operasi penangkapan segera dilakukan sebelum semuanya terlambat.
Tim buru sergap TNI ini bergerak cepat ke tempat persembunyian Omar al-Faruq di Bogor.
Tanpa kesulitan berarti, tim berhasil meringkus al-Faruq di Masjid Jami' Bogor pada 5 Juni 2002.
Usai diamankan, al-Farouq dierahkan ke pihak AS dan dikirim ke fasilitas penahanan Bagram di Irak.
Namun al-Faruq berhasil kabur dari Bagram pada Juli 2005.
Hingga akhirnya pada 25 September 2005, 200 personel pasukan komando Inggris menyatroni persembunyian al-Faruq di al-Tuninnah Basra, Irak.