Pada April 2003, Pengadilan Negeri Jakarta Pusat menjatuhkan hukuman 4 tahun penjara kepada Probosutedjo atas kasus dana reboisasi hutan tanaman industri (HTI) senilai Rp.100,931 miliar.
Probosutedjo langsung mengajukan banding ke Pengadilan Tinggi Jakarta, yang kemudian mengurangi masa hukumanya menjadi dua tahun.
Probosutedjo lalu mengajukan kasasi pada Juni 2004 dan hingga kini putusan kasasi tersebut belum keluar.
Majelis Hakim yang menangani kasasi Probosutedjo adalah Ketua Mahkamah Agung, Bagir Manan, Parman Suparman dan Usman Karim.
Karena sudah setahun belum mengeluarkan putusan, maka Majelis Hakim ini pun kemudian digantikan Iskandar Kamil, Atja Sondjaya, Harifin A. Tumpa, Djoko Sarwoko dan Rehngena Purba sejak 31 Oktober 2005.
Pada 11 Oktober 2005, ia mengaku telah memberikan uang sebesar Rp.6 miliar kepada pengacaranya, Harini Wiyoso untuk menyuap Bagir Manan dan para anggota jaksa lainnya.
Pada 28 November 2005, Majelis Hakim tingkat kasasi Mahkamah Agung memutuskan untuk menghukum Probosutedjo empat tahun penjara serta denda sebesar Rp.30 juta subsider 3 bulan penjara.
Ia juga harus membayar kembali Rp.100,931 miliar sebagai pengganti uang yang dikorupsi tersebut.
Setelah menjalani 2/3 masa hukumannya di Lembaga Permasyarakatan Sukamiskin di Bandung, ia dibebaskan pada 12 Maret 2008.