Kendati demikian, ia tetap bersemangat dan berjuang keras hingga mampu meneruskan studi seni rupa di Akademi Seni Rupa Indonesia (ASRI) Yogyakarta pada 1956-1961.
Tempat ini merupakan cikal bakal dari Institut Senin Indonesia (ISI) Yogyakarta saat ini.
Dalam karier senimannya, Djoko Pekik tercatat pernah bergabung dengan Lembaga Kebudayaan Rakyat atau Lekra, sebuah lembaga kesenian yang berafiliasi dengan PKI.
Di tempat itu, Djoko Pekik tumbuh menjadi pelukis yang memiliki kepekaan tinggi terhadap sosial kerakyatan.
Ia kemudian mendirikan Sanggar Bumi Tarung bersama beberapa seniman lainnya, termasuk Amrus Natalsya, Misbach Tamrin, dan Ng Sembiring di Yogyakarta.
Setelah peristiwa G30S pecah pada 1965, Djoko Pekik pun ikut ditangkap, karena afiliasinya dengan PKI.
Ia ditahan pada 8 November 1965 dan dibebaskan setelah tujuh tahun, yakni pada 1972.
Mengutip Tribunjogja.com, Djoko Pekik sudah menyiapkan tempat peristirahatan terakhir baginya di Makam Seniman Giri Sapto, Kapanewon Imogiri, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) sejak 2020 silam.
Hal tersebut disampaikan oleh anak keempat Djoko Pekik, Nihil Pakuril, saat ditemui media pada Sabtu (12/8/2023).
Nihil mengatakan, makam yang dipersiapkan oleh ayahnya sudah dihiasi dengan relief celeng.
“Makam ini sudah disiapkan bapak sejak 2020, bahkan sudah dibikin relief celeng yang sudah ditempelkan di dinding makam,” ungkap Nihil.