Sejumlah personel pasukan khusus juga sudah bertugas secara senyap di daerah-daerah yang dianggap rawan oleh pemerintah, seperti di Papua.
Pergerakan pasukan khusus sesuai perintah Panglima TNI sesungguhnya tidak begitu terpengaruh oleh UU Anti-terorisme yang belum segera disahkan.
Misalnya, jika terjadi kasus terorisme di Bandara Soekarno-Hatta, pasukan khusus Sat Bravo 90 dari TNI AU pasti turun bersama pasukan khusus TNI lainnya dan kemungkinan malah tidak melibatkan langsung Densus 88 Polri.
Densus 88 Polri bisa dipastikan turun dalam aksi teror di bandara setelah teroris tertangkap baik mati maupun hidup, untuk dilanjutkan proses penyidikan dan penanganan hukumnya sesuai prosedur kepolisian.
Seperti latihan penanganan anti-teror yang pernah dilakukan Koopssusgab, pada sebuah kapal dagang di Laut Jawa, ketika teroris sudah dilumpuhkan, para pelakunya kemudian diserahkan ke kepolisian (Polairud) untuk dilanjutkan prosesnya sesuai hukum yang berlaku.