Ia lahir pada 27 September 1931 di Desa Jowahan, Borobudur, Jawa Tengah.
Jakob Oetama adalah lulusan Seminari Menengah St. Petrus Canisius Mertoyudan.
Sambil mengajar SMP, ia mengikuti Kursus B-1 Ilmu Sejarah hingga lulus.
Ia kemudian melanjutkan kuliah ke Perguruan Tinggi Publisistik Jakarta dan Jurusan Ilmu Komunikasi Massa Fakultas Ilmu Sosial dan Politik Universitas Gadjah Mada hingga tahun 1961.
Jakob Oetama menerima gelar kehormatan Doktor Honoris Causa dari Universitas Gadjah Mada pada 2003.
Saat masih belia, cita-citanya adalah menjadi guru seperti ayahnya.
Ia sempat mengajar di SMP Mardi Yuwana Cipanas, Sekolah Guru Bagian B (SGB) Lenteng Agung Jagakarsa, dan SMP Van Lith Jakarta.
Minatnya menulis tumbuh berkat belajar Ilmu Sejarah.
Karier Jakob Oetama di dunia jurnalistik bermula dari pekerjaan barunya sebagai redaktur majalah Penabur Jakarta.