Namun, baik ahli waris kesultanan maupun Republik Filipina yang baru didirikan tidak dimintai pendapat, ketika administrasi Sabah dipindahkan dari Perusahan British North Borneo kepada Kerajaan Inggris pada tahun 1946.Selama periode dekolonisasi, baik Filipina maupun Indonesia menentang pernyerahan Sabah, bersama dengan Sarawak, ke Pesekutuan Malaya sebagai penerus perusahaan kolonial Inggris di Kalimantan bagian utara.Baik Manila maupun Jakarta menolak Komisi Cobbold tahun 1962, yang mengatur panggung untuk referendum 1963, yang menyaring beberapa suara dari penduduk lokal kedua wilayah tersebut.Indonesia melawan dengan konflik yang dikenal sebagai Konfrontasi, sementara Filipina merencanakan operasi 'Proyek Merdeka' yang berkahir gagal untuk merebut kembali Sabah dengan paksa.
Baca Juga: Dianggap China Bak Angin Lalu, Diam-diam AS Sukses kadali Tiongkok dengan Menyusup ke Daerah Rawan Ini, Pakai Jet Mata-mata yang Disangka Milik MalaysiaMelawan narasi resmi Kuala Lumpur, sejarawan Australia Dr Greg Poulgrain dalam bukunya tahun 2014 The Genesis of Konfrontasi: Malaysia, Brunei and Indonesia 1945-1965 mengungkapkan bahwa, rencana Inggris untuk membentuk Malaysia dimulai sejak tahun 1953.Hingga hari ini, beberapa pemimpin di Sabah dan Sarawak tidak hanya membenci dominasi Semenanjung Malaysia di barat mereka, tetapi terus menentang dasar federasi dengan alasan bahwa, kedua wilayah bukanlah entitas berdaulat yang setara untuk secara bebas masuk ke dalam persatuan semacam itu sejak awal.Seruan telah dibuat di kedua wilayah untuk referendum kemerdekaan.