Sebelumnya diketahui Abu Bakar Ba'asyir dinyatakan bersalah akibat melarikan diri ke Malaysia setelah divonis bersalah juga oleh Rezim Orde Baru lantaran tak mau mengakui asas tunggal Pancasila.
Ia divonis empat tahun penjara namun hanya menjalani masa hukuman selama 1,5 tahun karena adanya remisi masa hukuman. Pada 2005 Ba’asyir didakwa terlibat dalam kasus Bom Bali I.
Ia pun dinyatakan bersalah karena terbukti terlibat permufakatan jahat untuk melakukan aksi bom di Jalan Legian, Kuta, Bali. Pengadilan memvonis Ba’asyir 2,5 tahun penjara.
Namun Ba’asyir hanya menjalani masa hukuman selama dua tahun dua bulan.
Empat tahun berselang, pada 9 Agustus 2010, Ba'asyir kembali ditangkap. Densus 88 mencegatnya di daerah Banjar Patroman, Jawa Barat.
Ia ditangkap paksa saat dalam perjalanan menuju Solo, Jawa Tengah.
Ba’asyir ditangkap bersama dua belas orang yang mendampingi perjalanannya.
Saat itu, Ba’asyir didakwa atas dugaan keterlibatannya dalam pelatihan militer kelompok teroris di Aceh.
Pada 2011 Pengadilan Negeri Jakarta Selatan memvonis Ba’asyir dengan hukuman penjara selama 15 tahun.
Kini ia terhitung telah menjalani masa hukumannya selama sembilan tahun.