Maka setelah rezim Soeharto tumbang, Wenda lantas angkat senjata meminta papua merdeka walaupun keluarganya sendiri memilih bergabung dengan NKRI
Ia melakukan lobi-lobi kepada pemerintahan Indonesia.
Pada pemerintahan Megawati, usaha lobi Wenda sebenarnya berhasil yakni menjadikan papua sebagai daerah otonomi khusus.
Namun rupanya Wenda masih kurang puas dan menuntut lagi kemerdekaan papua.
Aparat keamanan Indonesia yang tak bisa lagi mentolerir aksi Wenda lantas menangkap sang pentolan OPM pada tahun 2001 karena dianggap mengacaukan keamanan.
Wenda kemudian ditahan di Jayapura pada 6 Juni 2002.
Akan tetapi, Wenda berhasil kabur dari penjara pada 27 Oktober 2002.
Dibantu simpatisan OPM, Wenda diselundupkan ke Papua Nugini.
Wenda kemudian ngacir ke Inggris bersama LSM Eropa setelah mendapat suaka politik.
Sampai saat ini Wenda hidup aman dan nyaman di bawah perlindungan dan pengawasan negeri Ratu Elizabeth II.
Di Inggris, ia hanya bisa menyuarakan kemerdekaan Papua lewat media massa dan media sosial.