Prabowo juga memiliki satu adik laki-laki, bernama Hashim Djojohadikusumo.
Dikutip Surya.co.id dari laman gramedia.com, ayah Prabowo merupakan seorang pakar ekonomi dan juga politisi Partai Sosialis Indonesia yang saat itu baru saja selesai menjabat sebagai Menteri Perindustrian di Kabinet Natsir pada April 1952.
Sedangkan ibunya merupakan seorang wanita Kristen Protestan berdarah Minahasa.
Ibu Prabowo berasal dari keluarga Maengkom di Langowan, Sulawesi Utara.
Setelah kelahiran Prabowo Subianto, tak lama kemudian ayahnya, Soemitro diangkat kembali menjadi Menteri Keuangan pada Kabinet Wilopo.
Prabowo juga merupakan cucu dari Margono Djojohadikusumo, yaitu seorang pendiri Bank Negara Indonesia
Margono Djojohadikusumo juga pernah menjabat sebagai Ketua Dewan Pertimbangan Agung yang pertama.
Nama Prabowo sendiri merupakan nama yang diambil dari pamannya, Kapten Soebianto Djojohadikusumo,
Ia merupakan seorang perwira Tentara Keamanan Rakyat yang gugur pada Pertempuran Lengkong pada Januari tahun 1964 di Tangerang.
Masa kecil Prabowo dihabiskan di luar negeri, karena saat itu ayahnya terlibat dalam menentang Presiden Soekarno di Pemerintahan Revolusioner RI di Sumatera Barat.
Dikutip dari laman resmi Menhan, Prabowo kecil tercatat pernah menempuh pendidikan setingkat SD di Elementary School di Hongkong.