ABRI (TNI kala itu) jengah melihat kelakuan OPM yang merasa paling benar sendiri dalam kegiatan-kegiatannya untuk mengagalkan Pepera.
Tak mau tinggal diam, Pangdam Cenderawasih kala itu B rigjen R. Bintoro melancarkan operasi militer demi menumpas tingkah polah OPM.
Operasi ini dinamai Operasi Baratayudha yang dilaksanakan dari tahun 1966-1967.
Baca Juga : Pendawa I, Tim Pemburu TNI yang Menguntit Pentolan OPM Kelly Kwalik Tanpa Ia Sadari Saat Operasi Mapenduma
Didatangkanlah bala tentara dari Yonif 314/ Siliwangi dengan 2 kompi Yon 700/RIT dan2 kompi Yon 935/Brimob.
Belum cukup sampai situ, 2 Peleton KKO AL (Marinir), 1 Peleton Kopasgat dan 1 Tim RPKAD.
Untuk menyukseskan operasi ini, ABRI juga mengerahkan 2 pesawat pembom B-26 Invader, 1 Pesawat angkut Dakota dan 1 Kapal Perang.
Operasi Baratayudha bertujuan menghancurkan perlawanan OPM dan mempersiapkan pemenangan Pepera.
Operasi ini bersifat tempur dengan dibantu oleh operasi intelijen serta teritorial yang disiapkan dalam tiga fase, yang fase terakhirnya adalah tahun 1968.
Pemberontak OPM pastilah menelan ludah getir ketika tahu yang bakal mereka hadapi adalah suatu gugus tempur solid ABRI.
Kekuatan tempur solid TNI yang getarkan OPM.
Benar saja, ketika pasukan ABRI menyerang seluruh basis dan kedudukan musuh, OPM remuk redam.