Rekam jejak Cosmas juga tidak main-main.
Berdasarkan data yang terhimpun dari A Dictionary of Indonesian History Since 1900, Cosmas Batubara ternyata menjadi aktivis mahasiswa yang paling disegani di masanya.
Dirinya merupakan ketua dan juga salah satu pencetus dari organisasi Kesatuan Aksi Mahasiswa Indonesia (KAMI) yang dibentuk pada 1965.
KAMI sendiri berperan penting dalam transisi dari era Soekarno ke Presiden Soeharto.
Menjadi yang paling lantang dalam gerakan anti-komunisnya, KAMI bersama organisasi Perserikatan Perhimpunan Mahasiswa Indonesia (PPMI) mengadakan aksi pasca peristiwa Kudeta Militer pada 1965.
Kedua organisasi tersebut berdemo menuntut pembubaran CGMI di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia pada 18 Oktober 1965.
Aksi tersebut akhirnya menjadi pelopor aksi-aksi mahasiswa lainnya yang sampai menduduki Istana Negara.
Beberapa aksi mahasiswa yang juga bersinggungan dengan dengan pembantaian masal PKI pada tahun tersebut akhirnya membuat Soekarno terdesak.
Hingga akhirnya Soekarno rela menurunkan jabatannya sebagai Presiden demi mengakhiri tragedi tersebut.