Penjara ini juga terkenal akan eksekusi trio teroris terkenal yang bertanggung jawab atas bom Bali, Imam Samudra, Amrozi, dan Mukhlas pada tahun 2008.
Tempat eksekusi mungkin bisa dilakukan di beberapa wilayah sepi yang ada di pulau.
Akan tetapi yang paling terkenal adalah situs Nirbaya dan Li-musbuntu.
Ada beberapa urutan untuk proses eksekusi para terpidana hukuman mati.
Para terpidana mati biasannya ditempatkan di ruang isolasi terlebih dahulu.
Sebelum memasuki sel isolasi, mereka akan diberitahu kapan mereka akan dieksekusi dan diminta untuk menentukan 'tiga permintaan terakhir'.
Menurut hukum Indonesia, narapidana harus diberitahu kapan eksekusi mereka akan terjadi setidaknya 72 jam sebelum eksekusi hukuman mati dilakukan.
Adapun tugas dari eksekusi itu sendiri dilakukan melalui regu tembak.