"Dalam suratnya itu, dia menyarankan agar saya menyelesaikan Timtim seperti Perancis menyelesaikan koloninya di Pasifik. Dia sarankan seperti itu," kata Habibie, yang diwawancarai ABC untuk program The Howard Years.
"Artinya, kita harus mempersiapkan waktu untuk 10 tahun atau apalah dan setelah itu memberi mereka kemerdekaan," terangnya.
"Jadi begitu saya baca itu surat, saya tersinggung," aku Habibie.
Pada awalnya, BJ Habibie ingin menyelesaikan persoalan Timtim yang telah lama menjadi ganjalan bagi Indonesia di mata dunia internasional.
Sebulan setelah dilantik menggantikan Suharto, Presiden Habibie mengumumkan pernyataan pada Juni 1998 bahwa Indonesia siap memberikan status otonomi khusus kepada Timtim.
Dalam sidang kabinet yang menentukan itu, Pak Habibie menegaskan Indonesia akan langsung memberikan pilihan antara otonomi khusus dan kemerdekaan bagi Timtim.
Di lain hal, tokoh Timor Leste Fretilin Xanana Gusmao, Uskup Katolik Timtim Carlos Belo dan perwakilan Fretilin di PBB Jose Ramos Horta saat itu berpandangan bahwa perlu periode lima hingga 10 tahun otonomi khusus agar Timtim bisa merdeka.
Kendati tersinggung terhadap surat PM Howard, dalam penuturannya kepada ABC, BJ Habibie mengaku bahwa surat PM Howard itulah yang mendorong dia mempercepat keputusan menggelar referendum pada awal Agustus 1999.
Bertahun-tahun setelah referendum, PM Howard selalu menyatakan 'pembebasan' Timor Leste adalah salah satu pencapaian paling membanggakan dirinya sebagai perdana menteri.
Berbeda pandangan dari PM Howard, mantan Dubes Australia untuk RI, Richard Woolcott menilai tindakan John Howard menyurati BJ Habibie itu 'kurang bijaksana'.