Ia tidak terlalu terpengaruh dengan hal itu tapi lebih memikirkan kondisi 'biasa' terjadi.
Pada saat itu, perang antarsuku adalah hal biasa dan Michael mengetahui pejuang Asmat akan mengambil kepala musuh mereka dan memakan daging mereka.
Misi kepanduan selesai dan dia menulis rencananya untuk membuat studi antropologis rinci tentang Asmat dan memajang koleksi seni mereka di museum ayahnya.
Tahun 1961 Michael Rockefeller berangkat sekali lagi ke Papua Nugini ditemani Rene Wassing, antropolog pemerintah.
Ketika kapal mendekati Otsjanep pada 19 November 1961, tiba-tiba terjadi badai yang membalikkan kapal.
Wassing menempel di lambung kapal yang terbalik.
Disebutkan mereka berada 12 mil dari pantai dan Michael berkata pada Wassing, "Saya pikir saya bisa melakukannya," dan melompat ke air.
Dia tidak pernah terlihat lagi.
Keluarganya mengerahkan segala cara mencari Michael, mulai dengan kapal hingga helikopter, menjelajahi daerah itu.
Bahkan Nelson Rockefeller dan istrinya ikut terbang ke Papua mencari anak mereka, tapi tubuh Michael Rockefeller tak ditemukan.