Namun setelah Sultan Hadiri naik tahta, ia dibunuh oleh Arya Penangsang.
Ratu Kalinyamat yang mengetahui suaminya telah terbunuh merasa terpukul dan mengalami kesedihan yang mendalam.
Untuk mengobati kesedihan itu, Ratu Kalinyamat membangun makam dan juga masjid yang ia persembahkan untuk sang suami.
Akhirnya, Masjid itu diberi nama Masjid Mantingan.
Masjid Mantingandibangun dengan gaya arsitekturcampuran dari budaya Hindu dan juga Cina.
Untuk mustaka, atap dan juga tumpangnya dibangun dengan corak Hindu.
Sedangkan untuk reliefnya ini diambil dari budaya Cina.
Hal ini terlihat dari bentuk barongsai yang ada pada relief tersebut.
Adapun hiasan-hiasan yang ada di dalam bangunan masjid ini terdiri dari tiga kategori yakni fauna, flora dan motif geometris.
Untuk hiasan fauna (binatang) ini sudah disamarkan, hal ini karena di dalam Islam tidak diperbolehkan menggambar makhluk yang bernyawa.
Kemudian untuk hiasan bercorak flora (tanaman) ini bentuknya tanaman menjalar dan bunga teratai.