Tidak lama kemudian, Raden Sulaiman diangkat untuk menjabat sebagai Menteri Besar Panembahan Sambas bersama Raden Arya Mangkurat.
Setelah Sultan Tengah meninggal, Raden Sulaiman mendapat tekanan dan ancaman dari Raden Arya Mangkurat.
Demi keselamatannya dan keluarganya, Raden Sulaiman memutuskan mundur dan pindah ke Kota Bandir.
Sekitar empat tahun menetap di Kota Bandir, tiba-tiba para petinggi dan penduduk Panembahan Sambas mencari tempat menetap yang baru di wilayah Sungai Selakau.
Hal ini dilakukan karena mereka tidak tahan menghadapi Raden Arya Mangkurat.
Raden Sulaiman kemudian diminta untuk memulai pemerintahan baru.
Oleh karena itu, Raden Sulaiman akhirnya mendirikan kerajaan baru pada 1671, yang bernama Kesultanan Sambas.
Raden Sulaiman menjadi pendiri sekaligus raja pertamanya dengan gelar Sultan Muhammad Shafiuddin I.
Kemudian, pada tahun 1702 - 1727 M pemerintahan Kesultanan sambas dipimpin oleh Sultan Umar Aqomuddin, yang kemudian mendirikan Masjid Agung Keraton Sambas.
Sebenarnya, Masjid Agung Keraton Sambas merupakan rumah sultan yang kemudian di jadikan mushalla.
Lalu,mushalla tersebut direnovasi oleh putraSultan Umar Aqomuddin yaitu Sultan Muhammad Saifuddin dan dikembangkan menjadi sebuah masjid besar.