Karier politik Boediono terus berlanjut dengan menjabat sebagai Menko Perekonomian dalam Kabinet Indonesia Bersatu pada 5 Desember 2005 sampai 17 Mei 2008.
Boediono juga sempat menjabat sebagai Gubernur Bank Indonesia (BI) pada 2008 sampai 2009. DPR kemudian sepakat mengangkat Boediono menjadi Gubernur BI menggantikan Burhanuddin Abdullah.
Boediono kemudian mengundurkan diri dari jabatan Gubernur BI lantaran dicalonkan menjadi wakil presiden mewakili Susilo Bambang Yudhoyono pada Pemilihan Umum (Pemilu) 2009. Pasangan itu menang dan menjadi presiden dan wakil presiden 2009-2014. (*)