1. Bintang Mahaputra
Salah satu penghargaan yang diterimanya adalah Bintang Mahaputra Kelas III (Bintang Utama).
Adapun Jakob Oetama diketahui menerima penghargaan tersebut dari pemerintah Republik Indonesia pada 21 Mei 1973 silam.
Tak hanya itu saja, terdapat segudang penghargaan yang telah diterima oleh Jakob Oetama.
2. Wira Karya Kencana
Pada 7 Juli 1994, Jakob Oetama menerima penghargaan Wira Karya Kencana dari Wira Karya Kencana lantaran ia dianggap telah berjasa dalam gerakan KB Nasional.
3. Doktor Honoris Causa
Universitas Gadjah Mada (UGM) menilai bahwa Jakob Oetama sejak tahun 1965 berhasil mengembangkan wawasan dan karya jurnalisme bernuansa sejuk, yaitu "kultur jurnalisme yang khas", wawasan jurnalistik yang berlandaskan filsafat politik tertentu.
Kultur jurnalisme itu telah menjadi referensi bagi kehidupan jurnalisme di Indonesia.
Untuk itulah, UGM memberikan penghargaan berupa Doktor Honoris Causa pada pendiri Kompas Gramedia itu.
Di tahun 2014, Jakob Oetama juga menerima gelar doktor kehormatan atau Honoris Causa dari Universitas Sebelas Maret (UNS), Surakarta.