Tapi mulut Agus terkunci rapat. Dia tak sudi membocorkan informasi terkait operasi besar-besaran yang dipimpin Benny Moerdani, atasannya.
Karena tak mendapat pengobatan memadai, kaki kirinya membusuk dan mengeluarkan belatung.
Dia pun rela diamputasi dengan peralatan medis seadanya.
Sayangnya, setelah ia bebas dan kembali ke Jakarta, Agus Hernoto dikeluarkan oleh pimpinan RPKAD karena cacat.
Rekan yang juga atasannya, Benny Moerdani berusaha membelanya. Akibatnya, mereka berdua sama-sama dikeluarkan.
Nasib baik, Agus sempat bergabung dengan Resimen Tjakrabirawa, Pasukan Pengawal Presiden RI Soekarno (Paspampres), dan Benny ke Komando Cadangan Strategis Angkatan darat (Kostrad) di bawah Mayjen TNI Soeharto.
Di kemudian hari keduanya bergabung dengan tim Operasi Khusus pimpinan Ali Moertopo.
Setiap kali ada operasi intelijen, dipastikan Agus terlibat dan berperan aktif di dalamnya.
Misalnya pernah terlibat dalam operasi Komodo yang merupakan persiapan menuju serangan Seroja di Timor-Timur.
Agus ditunjuk langsung oleh Kepala BAKIN kala itu Letnan Jenderal TNI Yoga Soegama untuk mencari informasi mengenai keberadaan pos-pos musuh dan menentukan "dropping zone" yang aman.