"Kami sebenarnya bisa menyaksikan opening dan closingnya. Itu salah satu hal yang sangat keren yang diberikan simulasi ini—kemampuan untuk melihat film yang sangat detail," kata Amaro.
Lillian Chong, ilmuwan lain dari University of Pittsburgh mengatakan bahwa teknik standar akan membutuhkan waktu bertahun-tahun untuk mensimulasikan proses pembukaan gerbang glycans virus SARS-CoV-2.
"Tetapi dengan alat simulasi canggih 'ansambel tertimbang' lab saya, kami dapat menangkap proses hanya dalam 45 hari," imbuh Chong.
Simulasi komputasi intensif pertama kali dijalankan di Comet di San Diego Supercomputer Center di UC San Diego dan kemudian di Longhorn di Texas Advanced Computing Center di UT Austin.
Kekuatan komputasi semacam itu telah memberi para peneliti pandangan tingkat atom dari domain pengikatan reseptor protein spike, atau RBD, dari lebih dari 300 perspektif.
Penyelidikan mengungkapkan glycan "N343" sebagai kunci pas yang mencongkel RBD dari posisi "turun" ke "atas" untuk memungkinkan akses ke reseptor ACE2 sel inang. Para peneliti menggambarkan aktivasi glikan N343 mirip dengan mekanisme crowbar molekuler.
Jason McLellan, profesor biosains molekuler di UT Austin dan timnya menciptakan varian protein spike dan mengujinya untuk melihat bagaimana gerbang glikan memengaruhi kemampuan RBD untuk terbuka.
"Kami menunjukkan bahwa tanpa gerbang ini, RBD protein spike (virus corona SARS-CoV-2) tidak dapat mengambil konformasi yang dibutuhkan untuk menginfeksi sel," kata McLellan.
(*)