Dokter juga akan memeriksa otak dengan cara melaukan potongan di kepala.
Tengkorak akan digergaji setelah itu diangkat perlahan dan dokter akan mencari tahu penyebab kematian dari otak jika tidak ada keanehan di anggota tubuh lainnya.
Setelah selesai organ akan dikembalikan ke dalam tubuh atau jika keluarga berkenan akan disimpan untuk keperluan penelitian dan pembelajaran.
Jika prosesnya sudah selesai, tubuh yang sudah bersama organ-organ tadi dijahit kembali bagian yang terbuka untuk kemudian dikembalikan ke pihak keluarga untuk kemudian dikuburkan ataupun dikremasi.
Namun diketahui menurut penuturan Kamaruddin, otak Brigadir J sudah tidak dalam posisinya yang seharusnya ada di kepala.
Hal tersebut dijelaskan Kamarudin saat berbincang dengan dengan Refly Harun di kanal Youtube RH Chanel dikutip Tribunnews.com, Minggu (31/7/2022).
Menurutnya berdasarkan catatan dua orang perwakilan keluarga dan kuasa hukum yang ikut dalam proses autopsi ulang, Rabu (27/7/2022) mengatakan bila otak Brigadir J sudah tidak dalam posisinya.
"(Saat) dibuka kepalanya, tidak ditemukan, tidak ada otaknya, yang ditemukan retak enam yang ada di dalam kepala itu," ujar Kamarudin dilansir dari RH Chanel.
Kemudian, lanjut Kamarudin, saat kepala belakang Brigadir J diraba ditemukan ada benjolan dan sedikit bekas lem.
"Lemnya dibuka ternyata ada lubang. Lubangnya disonde atau ditusuk pakai alat ke arah mata mentok. Tapi begitu saat disonde ke arah hidung ternyata tembus. Itulah mengapa ada jahitan yang sebelumnya di foto ketika berulang kali saya berikan kepada media itu bekas lubang peluru yang ditembak dari belakang kepala dengan posisi agak tegak lurus gitu," ungkap Kamarudin.