Pada 2005, Sjafrie diangkat sebagai Sekretaris Jenderal Departemen Pertahanan.
Namun, unjuk rasa puluhan korban pelanggaran hak asasi manusia mewarnai pelantikan Sjaffrie.
Mereka mempersoalkan diangkatnya Sjafrie yang diduga terkait dalam kerusuhan Mei 1998 di Jakarta, seperti diberitakan Harian Kompas, 16 April 2005.
Di tahun 2010, Sjafrie dipercaya menduduki jabatan Wakil Menteri Pertahanan, mendapingi Purnomo Yusgiantoro yang menjadi Menhan saat itu.
Terakhir, ia menjadi wakil ketua Indonesian Asian Games Organizing Committee/Inasgoc pada tahun 2018 lalu.
Artikel ini telah tayang di Kompas.com dengan judul "Ditunjuk Prabowo Jadi Penasihat Khusus, Ini Profil Sjafrie"