Misi kepanduan selesai dan ia menulis rencananya untuk membuat studi antropologis rinci tentang Asmat dan memajang koleksi seni mereka di museum ayahnya.
Tahun 1961 Michael berangkat sekali lagi ke Papua ditemani Rene Wassing, antropolog pemerintah.
Ketika kapal mendekati Otsjanep pada 19 November 1961, tiba-tiba terjadi badai yang membalikkan kapal.
Wassing menempel di lambung kapal yang terbalik.
Disebutkan mereka berada 12 mil dari pantai dan Michael berkata pada Wassing, "Saya pikir saya bisa melakukannya," dan melompat ke air.
Michael tidak pernah terlihat lagi.
Keluarganya mengerahkan segala cara mencari Michael, mulai dengan kapal hingga helikopter, menjelajahi daerah itu.
Bahkan Nelson Rockefeller dan istrinya ikut terbang ke Papua mencari anak mereka, tapi tubuh Michael tak ditemukan.
Penyebab kematiannya secara resmi dinyatakan akibat tenggelam.