Dekitar 1.400 prajurit dipecat, atas tuduhan desersi, tindakan diskriminatif ini memicu pemberontakan hebat.
Hal itu berubah menjadi upaya kudeta dan aksi kekerasan di ibu kota Dili, krisis ini bahkan memicu intervensi militer hebat dan mundurnya Perdana Menteri Mari Alkatiri.
Krisis tahun 2006 menunjukkan baik polisi maupun militer tidak netral secara politik, kedua lembaga tersebut terpecah-pecah karena kesetiaan daerah dan politik yang bercampur dalam jajaran.
Dengan runtuhnya sektor keamanan dan hukum dan ketertiban secara umum, pasukan penjaga perdamaian multinasional diminta untuk memulihkan ketertiban pada akhir Mei 2006.
Sejak itu berbagai upaya telah dilakukan untuk menyelesaikan berbagai masalah yang mempengaruhi kedua institusi, tetapi membalikkan kerusakan bukanlah suatu tugas sederhana.
Alfredo Reinado, salah satu pemimpin pemberontak, muncul dari krisis 2006 sebagai pemain kunci.
Popularitasnya luar biasa, bahkan setelah memimpin serangan terhadap dua pahlawan (yang masih hidup) dalam perjuangan pembebasan.
BBC memperingatkan 'ada sesuatu yang mengkhawatirkan tentang kesiapan anak muda Timor Leste untuk menyerahkan jubah pahlawan kepada seorang pria seperti Reinado.
Dia dengan tegas mengangkat senjata melawan pemerintah dalam kekacauan Mei 2006 dan menolak untuk tunduk pada mereka.
Reinado tidak memiliki apa-apa untuk ditawarkan kepada Timor Lorosa'e kecuali melanjutkan idealisasi perjuangan bersenjata sebagai alternatif tugas untuk membangun sebuah negara dari yang sangat kecil. '