Kemudian Santoso tewas dalam baku tembak di Pegunungan Poso, Sulawesi Tengah pada 18 Juli 2016
Tak lama, petinggi MIT lainnya bernama Muhammad Basri tertangkap bersama istrinya pada 14 September 2016.
Kabar soal MIT sempat hilang setelah itu.
Apalagi, istri Ali Kalora yang bernama Tini Susanti Kaduku atau Umi Fadel tertangkap pada 11 November 2016.
Akan tetapi, Ali Kalora terus memimpin gerilya MIT di pegunungan dengan hutan belantara di sekitar Kabupaten Poso dan Kabupaten Parigi Moutong.
Pada tahun itu juga, Kapolri Jenderal Pol Tito Karnavian menetapkan Ali Kalora sebagai target utama dari Operasi Tinombala.
Kapolda Sulawesi Tengah Brigjen Pol Rudy Sufahriadi pernah mengatakan, Ali Kalora adalah sosok radikal senior di kalangan gerilyawan di Poso.
Meski demikian, Brigjen Rudy yakin kekuatan gerilya di bawah kepemimpinannya tidak akan sebegitu merepotkan dibanding MIT era Santoso.
Sementara, Tito Karnavian menilai Ali Kalora tidak memiliki kemampuan kepemimpinan yang sama dengan Santoso dan Basri.