Namun, setelah mendapat masukan dari intelijen, salah satunya Mayjen Ali Murtopo, Soeharto mulai berpikir ulang.
Salah satu pertimbangan adalah Fretilin yang berideologi komunis, yang bisa membuat Indonesia di bawah Soeharto ketar-ketir.
Seperti kita tahu, Presiden Soeharto adalah sosok yang anti komunis.
Akhirnya Indonesia melakukan invasi pada 7 Desember 1975, namun operasi ini memperburuk konflik.
Alhasil PBB harus turun tangan dan membantu menyelesaikan konflik tersebut.
Pada 5 Mei 1999 kesepakatan antara Indonesia dan Portugal, untuk mengadakan referendum di Timor Timur dikenal dengan perjanjian New York terjadi.
PBB juga membentuk United Nations Mission In East Timor (Unamet) untuk mengawal kesepakatan Indonesia dan Portugal dalam referendum itu.
Hasilnya 78 orang penduduk Timor Timur memilih merdeka, dan bulan Oktober 1999 Timor Timur resmi berpisah dengan Indonesia, dan setelah merdeka namanya berganti menjadi Timor Leste.
(*)