Bangunan utama masjid memiliki ciri-ciri sebagaimana masjid Jawa kuno lainnya.
Salah satu ciri khususnya adalah terdapat gapura pada keempat arah mata angin.
Sisi menarik lainnya dari bangunan utama masjid adalah atapnya yang tumpuk lima, mirip dengan pagoda Cina.
Bagian ini dirancang oleh Cek Ban Cut, yang juga merancang menara Masjid Agung Banten.
Selain itu, dilansir dariTribuntravel, Menara Masjid AgungBantenbisa dibilang cukup unik karena mirip dengan bangunan mercusuar dan terletak di sebelah timur masjid.
Menara setinggi 24 meter dengan diameter 10 meter ini dapat dimasuki sampai ke atas dengan menaiki 83 tangga yang ada di dalamnya.
Catatan Dirk van Lier dari tahun 1659 menyebut bahwa menara ini dulunya digunakan sebagai tempat mengumandangkan azan dan penyimpanan senjata.
Arsitek lain yang turut berperan memperindah Masjid Agung Banten adalah Lucaasz Cardeel.
Dilansir dari Tribunnewswiki, pada masa kekuasaan Sultan Haji, Lucaasz Cardeel mengusulkan pembangunan tiyamah yang berfungsi untuk tempat musyawarah dan kajian-kajian keagamaan.
Tiyamah atau paviliunitu menjadi salah satu unsur adanya perpaduan budaya Jawa dengan Eropa.
Bangunan tiyamah berbentuk segi empat panjang dan bertingkat dua lantai memperlihatkan perpaduan unsur Jawa, Eropa, dan Cina menyatu sempurna pada arsitektur Masjid Agung Banten.