Sebenarnya, Nicolaas Jouwe sempat ikut dalam Komite Indonesia Merdeka (KIM) bentukan Dr JA Gerungan di Hollandia (saat ini Jayapura) pada 1945.
Namun ada kekecewaan saat KIM berubah menjadi Partai Indonesia Merdeka (PIM), apalagi saat konferensi Denpasar pada 1946 tak menyertakan wakil dari Papua.
Konferensi itu sendiri menghasilkan Negara Indonesia Timur, pihak Indonesia menyebut itu adalah karya politik divide et impera Belanda.
Belakangan, Jouwe berubah menjadi seorang pemimpin Papua yang anti-Indonesia.
Jouwe ikut dalam aktivitas Gerakan Persatuan Nieuw Guinea yang dibentuk Belanda untuk menentang pengaruh Indonesia.
Mulai dari sini, nasionalisme Papua dibentuk.
Pada masa pemerintah Belanda, kawasan yang kini disebut sebagai Papua bagian Indonesia bernama Nederland Nieuw Guinea (Nugini Belanda).
Nicolaas terpilih menjadi wakil presiden Dewan Nugini (Nieuw Guinea Raad), mendampingi presiden bernama Frits Sollewijn Gelpke, seorang pegawai negeri Belanda.
Saat itu Nicolaas berjuang agar semua pihak menghormati hak-hak orang Papua untuk menentukan nasibnya sendiri sebagai bangsa merdeka.
Bendera Bintang Kejora dibikinnya, bercorak 13 garis biru dan putih horisontal, angka itu melambangkan jumlah rencana kawasan yang akan dikembangkan. Adapun gambar bintang adalah simbol cita-cita.
Nicolaas lewat buku karya Danilyn Rutheford menyatakan bintang itu bermakna pengharapan, salah satu elemen dalam kebajikan Kristiani yakni iman, kasih, dan pengharapan.