John sengaja mempelajari taktik perang laut demi memuluskan rencananya bergabung ke laskar perjuangan.
Kendati demikian, setiba di Indonesia, John tidak langsung bergabung ke laskar perjuangan. Ia memilih mengumpulkan uang di Yogyakarta.
Pada Mei 1946, John Lie menemui pimpinan Laskar Kebaktian Rakyat Indonesia (KRIS) Hans Pandelaki dan Mohede di Jalan Cilacap, Menteng, Jakarta.
Dilansir dari buku Tionghoa dalam Sejarah Kemiliteran yang ditulis wartawan Kompas, Iwan Santosa, John mulai bergabung dengan Laskar Kebaktian Rakyat Indonesia (KRIS) pada Mei 1946.
John diterima sebagai anggota KRIS Barisan Laut dan diberi surat pengantar untuk bertemu AA Maramis yang saat itu menjabat menteri keuangan.
Maramis lantas meminta John Lie menghadap Kepala Staf Angkatan Laut RI (ALRI) Laksamana M Pardi di Yogyakarta.
Kepada Pardi, John bercerita betapa ingin sekali ikut mempertahankan kemerdekaan NKRI melalui pertahanan maritim dan menyampaikan keahlian yang dipelajarinya di Singapura.
Singkat cerita, Pardi lantas menandatangani izin bergabungnya John di ALRI.
John pun diangkat sebagai Kelasi III. John diberi mandat oleh Pardi pada 29 Agustus 1946, untuk pergi ke Pelabuhan Cilacap, bergabung bersama ALRI di sana.