2. Pemberontakan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII)
Pemberontakan DI/TII berlangsung pada 7 Agustus 1949 di bawah pimpinan Sekarmaji Marijan Kartosuwiryo.
Mereka ingin mengganti Pancasila sebagai dasar negara dengam syari'at Islam. Bahkan ditandai dengan didirikannya Negara Islam Indonesia (NII).
Upaya bangsa Indonesia menumpas pemberontakan tersebut memakan waktu cukup lama.
Kartosuwiryo dan para pengikutnya baru bisa ditangkap pada 4 Juni 1962.
3. Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS)
Pemberontakan RMS dipimpin oleh Christian Robert Steven Soumokil.
Tujuan pemberontakan RMS adalah untuk membentuk negara sendiri yang didirikan pada 25 April 1950, yang meliputi pulau-pulau seperti Seram, Ambon, dan Buru.
Pada November 1950, RMS di Ambon dapat dikalahkan oleh tentara Indonesia, pemberontakan di Seram masih berlanjut hingga Desember 1963.
Kekalahan di Ambon berujung pada pengungsian pemerintah RMS ke Seram, kemudian mendirikan pemerintahan dalam pengasingan di Belanda pada tahun 1966.