Usai menjalani pendidikan Pasukan Khusus, Doni muda langsun diterjunkan ke palagan konflik Timor Timur.
Penugasannya tak berhenti sampai di situ.
Baca Juga : 7 Hal yang Bakal Dinanti di Tahun 2019, Lahirnya Bayi Kerajaan Inggris Hingga Kaisar Jepang Turun Tahta
Ia lantas ke Aceh dalam Darurat Operasi Militer di sana.
Setelah di Kopassus, Doni ditugaskan dalam Kesatuan Batalyon Raider, Bali, dari tahun 1999-2001.
Selanjutnya ia ditarik ke Paspampres sampai tahun 2004 karena harus mengikuti pelatihan counter terrorism di Korea Selatan.
Selesai pelatihan di Negeri Gingseng, Doni kembali ditugaskan ke tanah Rencong, Aceh tahun 2005-2006 sebelum kembali ke Paspampres.
Doni kemudian dipindahkan lagi ke Kostrad dengan penempatan di Makassar.
Selesai di Kostrad, Doni Monardo ditarik kembali ke Paspampres menjadi komandan Grup A pengawal presiden tahun 2010.
Karir militernya yang paling mentereng ialah saat Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memerintahkannya sebagai Wakil Komando Satuan Tugas pembebasan MV Sinar Kudus yang dibajak perompak di perairan Somalia.
Operasi yang dinilai berhasil ini membuat Doni Monardo mendapat kenaikan pangkat menjadi Brigadir Jenderal.
Doni Monardo juga pernah menjabat sebagai Danjen Kopassus ke-27 dari tahun 2014-2015.