1. Sumbang Dana Rp 1 Miliar untuk Kongres Rakyat Papua
Dikutip dari tulisan Tri Agung Kristanto dalam buku Perjalanan Politik Gus Dur, Gus Dur memiliki peran besar dalam terselenggaranya Kongres Rakyat Papua pada akhir Mei tahun 2000.
Kongres itu awalnya tertunda-tendua karena masalah finansial.
Kongres yang dihadiri tidak kurang dari 5.000 rakyat Papua itu akhirnya terselenggara berkas bantuan dari Gus Dur sebesar Rp 1 miliar.
Sekretaris Presidium Dewan Papua Thaha Mohammad Alhamid kepada Kompas menjelang kongres berlangsung mengakui besarnya peranan dana bantuan Presiden Gus Dur untuk penyelenggaraan kongres.
Meskipun pada kemudian hari, Gus Dur kecewa dengan hasil kongres.
"Tadinya saya membantu (Kongres Rakyat Papua,-red) supaya terlaksana, karena panitia kongres menjanjikan dua hal yakni tidak orang asing di dalamnya (Kongres) dan semua orang (Papua) boleh ikut," kata Gus Dur dalam berita Kompas, 6 Juni 2000.
Saat itu, langkah Gus Dur memberikan bantuan dana dikecam karena dianggap memberi peluang opsi Papua memisahkan diri dari NKRI.
2. Gus Dur Mampu Jembatani Perbedaan di Papua
Mengutip berita Kompas.com pada 31 Desember 2019, Sekretaris Jendral (Sekjen) Presidium Dewan Papua (PDP), Thaha M Alhamid menyatakan, Gus Dur mampu menjembatani segala perbedaan yang ada dalam kelompok masyarakat tertentu di Papua untuk menyelesaikan permasalahan di daerah tersebut.
"Gus Dur mampu mengalihkan kekalutan politik di Papua pada tahun 2000 silam melalui proses-proses bermartabat yang jauh dari tindakan anarki yang melibatkan pertentangan antara rakyat dengan aparat," ujar Thaha di Jayapura.