Dikatakannya, rakyat Indonesia, termasuk masyarakat Papua masih membutuhkan nasihat dan ketokohan Gus Dur dalam menyelesaikan persoalan-persoalan politik dan sosial yang muncul baik yang sifatnya vertikal maupun horizontal.
Salah satu peran Gus Dur adalah mengakomodasi aspirasi masyarakat Papua pada tahun 2000 lalu adalah diberinya izin untuk melaksanakan musyawarah besar atau Kongres Papua.
"Kongres Papua menjadi forum politik bagi masyarakat Papua untuk menyatakan gagasan dan aspirasi mereka yang selama pemerintahan-pemerintahan sebelumnya mengalami kebisuan," tandasnya.
Melalui kegiatan tersebut lanjut dia, Gus Dur menunjukkan dirinya sebagai seorang yang pluralis sekaligus melindungi kelompok-kelompok minoritas yang selama ini terpinggirkan.
"Setelah Gus Dur wafat, saya berharap ada tokoh Indonesia lainnya yang dapat mengganti figur dan karakter beliau, terutama dalam menyikapi dan memberikan nasihat-nasihat politik menyangkut permasalahan bangsa," kata Thaha menanggapi kabar meninggalnya Gus Dur.
3. Mengembalikan Nama Papua Menjadi Irian Jaya
Pada 31 Desember 1999, Gus Dur menyempatkan diri melewatkan pergantian tahun di Jayapura sekaligus menyatakan mengembalikan nama "Papua" untuk mengganti "Irian Jaya" yang diberikan pada pemerintahan Presiden Soeharto.
Pengembalian nama itu dilakukan pada 1 Januari 2000.
Terkait pengembalian nama itu, dalam tulisannya, B Josie Susilo Hardianto yang dimuat Kompas.com pada 4 Januari 2010, orang Papua bersedih saat Gus Dur meninggal.
4. Sempat Memperbolehkan Bendera Bintang Kejora Dikibarkan