Bahkan di akhir pemerintahannya, terutama setelah pertanggungjawabannya ditolak MPR, nilai tukar rupiah masih bertengger di level Rp 6.500 per dolar AS.
Selain itu, ia juga memulai menerapkan independensi Bank Indonesia agar lebih fokus mengurusi perekonomian.
Untuk menyelesaikan krisis ekonomi moneter dan perbaikan ekonomi Indonesia, Habibie melakukan langkah-langkah sebagai berikut.
1. Melakukan rekontruksi dan rekapitulasi perbankan melalui pembentukan BPPN dan Unit Pengelola Aset Negara
2. Melikuidasi beberapa bank yang bermasalah
3. Menaikkan nilai tukar rupiah terhadap dolar hingga di bawah Rp 10.000,00
4. Membentuk lembaga pemantau dan penyelesaian utang luar negeri
5. Mengimplementasikan reformasi ekonomi yang diisyaratkan IMF
6. Mengesahkan UU No.5 Tahun 1999 tentang Larangan Praktik Monopoli dan Persaingan yang Tidak Sehat