Altantuya kemudian dibunuh dengan ditembak sebanyak dua kali oleh para penculik.
Belum cukup sampai situ, jasad Altantuya kemudian diledakkan dengan bom C4 hingga hancur berantakan.
Padahal pembunuhan dengan bom C4 tidak pernah terjadi sebelumnya di dunia dan baru kali ini lantaran C4 adalah bom berspesifikasi militer. Hanya orang 'dalam' saja yang mempunyai bom tersebut.
Ketika polisi menemukan tempat peledakkan yang tersisa hanya tulang berserakan dari wanita tersebut.
Tiga orang polisi dan Najib Razak termasuk seorang anggota Pasukan Gerakan Khas Malaysia ditangkap oleh pihak berwajib terkait hal ini.
Pengadilan mengungkapkan, Najib Razak mengakui punya hubungan spesial dengan Altantuya.
Proses pengadilan menjadi semakin rumit karena disinyalir pembunuhan Altantuya berkaitan korupsi pembelian kapal selam Scorpene Malaysia karena ia menjadi penerjemah bahasa antara Kementerian Pertahanan dan DCNS selaku produsen kapal selam Prancis.
Sehingga ia tahu seluk beluk proses pembelian sampai pembayaran kapal selam Scorpene.
Untuk alasan itu diduga ia dibunuh.
Selain itu, banyak yang meyakini Altantuya dibunuh untuk memuluskan langkah Najib Razak dalam pemilihan PM Malaysia tahun 2009 karena wanita itu bisa membahayakan kampanye politik Najib karena kasus korupsi kapal selam Scorpene.