Gus Baha tidak dapat lagi meneruskan perjuangannya di Yogya sebab diamanati oleh ayahnya untuk melanjutkan tongkat estafet kepengasuhan di LP3IA Narukan.
Banyak yang merasa kehilangan atas kepulangan Gus Baha ke Narukan.
Para santri sowan dan meminta kembali ke Yogya.
Gus Baha pun bersedia namun hanya satu bulan sekali, dan itu berjalan hingga kini.
Selain mengasuh pengajian, Gus Baha juga aktif di Lembaga Tafsir Al-Quran Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta.
Gus Baha juga diminta untuk mengasuh pengajian tafsir al-Quran di Bojonegoro, Jawa Timur.
Di Yogya mendapat giliran minggu terakhir, sedangkan di Bojonegoro minggu kedua setiap bulannya.
Hal tersebut dijalani secara rutin sejak 2006 hingga kini.
Gus Baha adalah Ketua Tim Lajnah Mushaf UII.
Timnya terdiri dari para profesor, doktor, dan ahli-ahli al-Quran seantero Indonesia seperti Prof Dr Quraisy Syihab, Prof Zaini Dahlan, Prof Shohib dan para anggota Dewan Tafsir Nasional lain.