Selama sebagian besar tahun 1990-an dan 2000-an, Indonesia menangani aktivitas Laut Cina Selatan di China dengan cara yang sama seperti kebanyakan negara Asia Tenggara lainnya: dengan dialog terpisah.
Tetapi ketika Cina maju lebih jauh ke selatan, Indonesia mulai mengambil garis yang lebih tegas.
Pada tahun 2010, China menempatkan saham resmi di lapangan ketika mengirimkan surat ke PBB yang mempertanyakan dasar hukum untuk "sembilan garis putus-putus" China.
Kemudian, pada tahun 2014, perwira tinggi militer Indonesia menuduh China memasukkan perairan dekat Kepulauan Natuna dalam garis yang diproklamirkan sendiri dan memperingatkan bahwa kekuatan militer China dapat mengguncang Asia Tenggara.
Sementara itu, Kepala Badan Keamanan Laut Indonesia menyebut klaim China di kawasan itu sebagai " ancaman nyata " bagi negaranya.
Jakarta juga memperingatkan, jika didesak,bisa mengambil tindakan hukum terhadap China , seperti yang dilakukan Filipina di Pengadilan Arbitrase Permanen di Den Haag.
Tindakan seperti itu sekali lagi akan membuat China menjadi sorotan internasional.
Tahun 2016 ketika selusin kapal penangkap ikan Tiongkok pernah menolak untuk mengindahkan peringatan korvet angkatan laut Indonesia untuk meninggalkan perairan Indonesia.
Jadi, korvet itu melepaskan tembakan peringatan ke kapal penangkap ikan. Itu mendorong China untuk mengerahkan kapal penjaga pantainya ke daerah tersebut.
Sebagai tanggapan, angkatan laut Indonesia mengirim enam kapal perang di dekatnya untuk melakukan latihan angkatan laut selama 12 hari sebagai unjuk kekuatan.
Sejak insiden itu Angkatan Udara Indonesia mengadakan latihannya sendiri di atas Pulau Natuna dengan pesawat tempur F-16 dan Su-30.