Kartosuwiryo dan para pengikutnya baru bisa ditangkap pada 4 Juni 1962.
3. Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS)
Pemberontakan RMS dipimpin oleh Christian Robert Steven Soumokil.
Tujuan pemberontakan RMS adalah untuk membentuk negara sendiri yang didirikan pada 25 April 1950, yang meliputi pulau-pulau seperti Seram, Ambon, dan Buru.
Pada November 1950, RMS di Ambon dapat dikalahkan oleh tentara Indonesia, pemberontakan di Seram masih berlanjut hingga Desember 1963.
Kekalahan di Ambon berujung pada pengungsian pemerintah RMS ke Seram, kemudian mendirikan pemerintahan dalam pengasingan di Belanda pada tahun 1966.
4. Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta)
Permesta atau Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) dipimpin oleh Sjarifuddin Prawiranegara dan Ventje Sumual pada 1957-1958.
Pemberontakan tersebut terjadi di Sumatera dan Sulawesi ini merupakan bentuk koreksi untuk pemerintah pusat yang dipimpin Presiden Sukarno karena Sukarno tidak bisa lagi diberikan nasihat dalam menjalankan pemerintahan sehingga terjadi ketimpangan sosial.
Pemerintah pusat dianggap telah melanggar undang-undang, pemerintahan yang sentralistis, sehingga pembangunan di daerah menjadi terabaikan.