Perairan yang diperebutkan itu telah menjadi pusat keterlibatan AS di Indo-Pasifik, dengan staf senior Presiden Donald Trump dan pejabat China memperdebatkan klaim "kedaulatan" di laut.
Dalam tulisannya di jurnal Foreign Affairs awal tahun ini, Flournoy menyerukan peningkatan kehadiran angkatan laut Amerika di Laut Cina Selatan.
Ia mengatakan bahwa Washington kehilangan kemampuan untuk melawan agresi militer Beijing di perairan yang diperebutkan.
Sebagai hasil dari keyakinan kuat yang dipegang Beijing tentang penurunan kekuatan AS, Flournoy mengusulkan bahwa AS harus meningkatkan pencegahan di wilayah tersebut untuk melawan stigma tersebut.
"Misalnya, jika militer AS memiliki kemampuan secara kredibel mengancam untuk menenggelamkan semua kapal militer, kapal selam, dan kapal dagang China di Laut China Selatan dalam waktu 72 jam, para pemimpin China mungkin berpikir dua kali sebelum, katakanlah, meluncurkan sebuah blokade atau invasi Taiwan; mereka harus bertanya-tanya apakah layak mempertaruhkan seluruh armada mereka," tulis Flournoy.
Baru-baru ini, ia juga menegaskan kembali sikap anti-China dan keinginannya untuk pertahanan Amerika yang lebih kuat di Indo-Pasifik.