Pada tanggal 1 Juli 1971, Roemkorem dan Prai mendeklarasikan Republik Papua Barat dan segera merancang konstitusinya.
Konflik strategi antara Roemkorem dan Prai berujung pada perpecahan OPM menjadi dua faksi, yaitu PEMKA yang dipimpin Prai dan TPN yang dipimpin Roemkorem.
Perpecahan itu sangat memengaruhi kemampuan OPM sebagai suatu pasukan tempur yang terpusat.
Tahun 1984, OPM melancarkan serangan di Jayapura, ibu kota provinsi dan kota yang didominasi orang Indonesia non-Melanesia.
Serangan ini langsung diredam militer Indonesia dengan aksi kontra-pemberontakan yang lebih besar.
Kegagalan ini menciptakan eksodus pengungsi Papua yang diduga dibantu OPM ke kamp-kamp di Papua Nugini.
Bulan Juli 1998, OPM mengibarkan bendera mereka di menara air kota Biak di pulau Biak. Mereka menetap di sana selama beberapa hari sebelum militer Indonesia membubarkan mereka.(*)