Mengutip situs resmi BIN, pasca Proklamasi, masih pada Agustus 1945, pemerintah mendirikan badan intelijen untuk pertama kalinya bernama Badan Istimewa. Kolonel Zulkifli Lubis ditunjuk memimpin lembaga tersebut bersama sekitar 40 mantan tentara Pembela Tanah Air (Peta) yang menjadi penyelidik militer khusus.
Berganti enam kali
Zulkifli merupakan lulusan sekaligus komandan intelijen pertama. Personel-personel intelijen di Badan Istimewa adalah lulusan Sekolah Intelijen Militer Nakano yang didirikan pendudukan Jepang pada 1943.
Setelah Badan Istimewa, pemerintah membentuk organisasi intelijen negara dengan cakupan lebih luas. Sejak 1945 sampai sekarang, organisasi intelijen negara pun telah berganti nama sebanyak enam kali:
1. BRANI (Badan Rahasia Negara Indonesia)
Pada awal Mei 1946, dilakukan pelatihan khusus di daerah Ambarawa, Jawa Tengah. Sekitar 30 pemuda lulusannya menjadi anggota Badan Rahasia Negara Indonesia (BRANI).
Lembaga ini menjadi "payung" gerakan intelijen dengan beberapa unit ad hoc, bahkan operasi luar negeri. Kemudian pada Juli 1946, Menteri Pertahanan Amir Sjarifuddin membentuk "Badan Pertahanan B" yang dikepalai seorang mantan komisioner polisi.
Lalu, April 1947, dilakukan penyatuan seluruh badan intelijen di bawah menteri pertahanan (menhan). BRANI menjadi Bagian V dari Badan Pertahanan B.
Pada awal 1952, Kepala Staf Angkatan Perang T.B. Simatupang juga menurunkan lembaga Intelijen menjadi Badan Informasi Staf Angkatan Perang (BISAP).
Di tahun yang sama, Wakil Presiden Mohammad Hatta dan Menhan Sri Sultan Hamengku Buwono IX menerima tawaran Central Intelligence Agency Amerika Serikat (CIA) untuk melatih calon-calon intel profesional Indonesia di Pulau Saipan, Filipina.