2. BKI (Badan Koordinasi Intelijen)
Sepanjang 1952-1958, seluruh Angkatan TNI dan Kepolisian memiliki badan intelijen sendiri-sendiri tanpa koordinasi nasional yang solid. Maka pada 5 Desember 1958, Presiden Soekarno membentuk Badan Koordinasi Intelijen (BKI) yang dipimpin oleh Kolonel Laut Pirngadi sebagai kepala BKI.
3. BPI (Badan Pusat Intelijen)
Selanjutnya, 10 November 1959, BKI menjadi Badan Pusat Intelijen (BPI) yang bermarkas di Jalan Madiun, yang dikepalai oleh DR Soebandrio.
Di era 1960-an hingga akhir masa Orde Lama, pengaruh Soebandrio pada BPI sangat kuat diikuti perang ideologi komunis dan non-komunis di tubuh militer, termasuk intelijen.
Setelah gonjang-ganjing 1965, Soeharto mengepalai Komando Operasi Pemulihan Keamanan dan Ketertiban (KOPKAMTIB). Selanjutnya, di seluruh daerah (Komando Daerah Militer/Kodam) dibentuk Satuan Tugas Intelijen (STI).
4. KIN (Komando Intelijen Negara)
Pada 22 Agustus 1966, Soeharto mendirikan Komando Intelijen Negara (KIN) yang dipimpin oleh Brigjen Yoga Sugomo sebagai kepala KIN, yang bertanggungjawab langsung kepada Soeharto.
Sebagai lembaga Intelijen strategis, maka BPI dilebur ke dalam KIN yang juga memiliki Operasi Khusus (Opsu) di bawah Letkol Ali Moertopo dengan asisten Leonardus Benyamin (Benny) Moerdani dan Aloysius Sugiyanto.
5. BAKIN (Badan Koordinasi Intelijen Negara)