Ia tercatat pernah bekerja di PT. Anugrah Group sebagai Finance Department (1982-1992) dan Operation Manager (1992-1996).
Johnny juga tercatat pernah menjabat sebagai Deputy President PT. Dwipangga Group pada 1996 sampai 1998.
Johnny juga pernah menjabat sebagai Direktur Utama PT. Gajendra Adhi Sakti pada 1998-2000.
Selain itu, Johnny juga pernah menjadi Komisaris PT. PJB Power Service (2005-2011), Group CEO Bima Palma Group (2005-2013), Komisaris PT. Air Asia (2005-2013), Chairman PT. Mandosawu Putratama Sakti (2006-2013), Komisaris Utama PT. Aryan Indonesia (2007-2013), dan Direktur Utama PT. Air Asia Investama (2012-2013).
Saat berkecimpung di dunia bisnis, Johnny lantas melirik dunia politik. Karier politiknya dimulai ketika ia bergabung dengan Partai Kesatuan Demokrasi Indonesia (PKDI) sebagai Ketua Dewan Pertimbangan PKDI Jakarta (2010-2013), dan Ketua Mahkamah PDKI (2012-2013).
Lantas pada 2013, Johnny pindah ke Partai Nasdem.
Di Partai Nasdem, Johnny sempat menjabat Ketua Departemen Energi SDA dan Lingkungan Hidup DPP NasDem pada 2014-2019.
Johnny kemudian melenggang menjadi Anggota DPR RI dari Fraksi Nasdem pada periode 2013-2017.
Saat itu Johnny menjabat sebagai Anggota Komisi IX yang membidangi Makro Ekonomi, Moneter, Keuangan, Pasar Modal dan Perbankan Nasional. Ia juga menjadi Anggota Badan Anggaran DPR-RI.
Johnny juga menjadi Wakil Ketua dan Ketua Fraksi NasDem pada 2014-2018.
Karena kinerjanya yang apik, karier politik Johnny terus naik dan diangkat oleh sang Ketua Umum Surya Paloh menjadi Sekretaris Jenderal Partai NasDem (2017-2019) menggantikan Nining Indra Saleh.